MKUltra projesi ismi verilen proje bilinç altını kullanma ile ilgilidir. Bu proje CIA‘nın Bilimsel İstihbarat Bölümü‘nde çalışılmaktaydı. Yani bildiğimiz CIA tarafından da kullanılmıştır. 1950’lerin başında başlayan çalışmalar, 1953 yılında resmi olarak kullanılmıştı, 1964 yılında bu alana olan ilgi çeşitli sebeplerden dolayı azalmış, 1967 yılında da tamamen yürürlükten kaldırılmıştır. Program özellikle; meşruluğu konusunda tartışmalara yol açtı. Kendi denekleri olarak kasıtsız ABD ve Kanada vatandaşları kullanılan birçok yasadışı faaliyetlere giriştiler. MKUltra insanlar üzerinde hipnotize, duygusal yoksunluk gibi yöntemlerle istediğini yaptırma, ağızdan laf alma operasyonudur. LSD ve LSD gibi birden fazla kimyasal maddeyle yapılabilen bu deneye, sözlü taciz veya cinsel taciz de eklenerek ABD‘de işkence yöntemi olarak ta kullanılmıştır.
MKUltra Projesi 44 kolej ve üniversitelerin yanı sıra hastaneler, hapishaneler ve ilaç şirketleri de dahil olmak üzere 80 kurum tarafından araştırıldı. Bu proje zaman zaman CIA tarafından da kullanılıp geliştirilmeye çalışıldı. Ve bu proje kapsamında CIA yüzde altılık kesimini bu proje üzerine yoğunlaştırdı. CIA’nın %6 bütçesi MKUltra projesine ayrılmıştır.
MKUltra projesi 1975 yılında ABD Kongresi‘nin Kilise Komitesi ve Geral Ford komisyonu tarafından Amerika Birleşik Devletleri’nde CIA’nın aktivitelerini incelemek amacıyla kamunun dikkatine sunulması amacıyla soruşturma açılmıştır. Soruşturma, CIA müdürü Richard Helms‘in 1973’teki bütün MKUltra raporlarının yok edilmesini emretmesi gerçeğiyle engellenmiş olmakla beraber Kilise Komitesi ve Rockefeller Komisyonu‘nun soruşturmaları görgü tanıklarının yeminli ifadelerine dayalıydı. Richard Helms’in yok etme emrinden çok az bir belge sağ kurtuldu.
1977 yılında, Bilgi Edinme Özgürlüğü Yasası senatoyla tartışmalara yol açtı. 2001 yılının Temmuz ayında MKUltra ilgili projeler resmen iptal edildi ve MKUltra projesi ile ilgili 20.000 belgenin bir bölümü ortaya çıktı. MKUltra projesi hakkında bazı sağ kalan belgeler resmi olarak devlet sırrı statüsünden çıkarıldı.